腸道結核最常見的發病部位是回盲部，通過結腸示意圖可以看到闌尾。闌尾開口于結腸的起始部位，就是盲腸，以及小腸的最末端也開口于盲腸，所以這個部位就叫回盲部。此部位在體表的投影是右下腹，所以腸結核最常見的腹痛的表現就是右下腹痛。除了回盲部以外，其余部位也有可能會發生腸道結核，比如升結腸、橫結腸、降結腸、乙狀結腸，還有少部分直腸。除了結腸以外，小腸也有可能會發生。但是最多見的部位是回盲部，或者末端的小腸，右下腹的部位。