細菌性腦膜炎，其后遺癥是根據其是否能及時診斷、治療。只要是正規治療，多數患者不會留下后遺癥，少數情況下因為出現腦膿腫，所以導致腦功能區受累及，患者會有記憶、語言、肢體運動導致的后遺癥，甚至于會有癲癇的長期發作。這些并發癥多數經過治療后可逐漸緩解，但是有些后遺癥為終身性。所以對于細菌性腦膜炎，甚至于化膿性腦膿腫患者，治療一定要用強殺菌劑，要使用在腦脊液濃度較高，能透過血腦屏障的抗菌藥物，而且用殺菌劑最好是兩種藥物聯合使用，療程、劑量要足，才能盡快將細菌清除，不留后遺癥。