寶寶半夜發燒39℃，可以根據實際情況進行不同的處理，具體如下：1、癥狀較輕：這時可以在家中進行降溫處理后觀察，根據體溫變化決定是否到醫院就診，如果一般狀態比較好，睡眠相對比較安穩，沒有明顯的咳喘、嘔吐、腹瀉或者哭鬧等現象，可以先在家中進行降溫處理，可以適當服用退熱藥物，例如可以根據年齡和體重使用乙酰氨基酚或者布洛芬，也可以進行物理降溫，例如用溫水擦拭身體，少蓋被子，通風、散熱，必要時可以使用冰貼、退熱貼等，對發熱會有緩解的作用。如果發熱沒有緩解，可以到門診就診；2、癥狀較重：如果半夜出現發燒39℃，伴有明顯的精神狀態不好，哭鬧、咳喘、呼吸困難或者伴有惡心、嘔吐，出現明顯的嗜睡，叫不醒的情況，無論是半夜還是其它時間，在降溫的同時要馬上到醫院的急診科進行診斷，明確病因及時進行處理，避免出現嚴重的并發癥。