軟腭疼痛如果發病時間較短是急性咽喉炎的表現，如病毒感染常見感冒病毒疼痛輕微，可能伴有發燒通常3天內逐漸退燒痊愈，不需要藥物治療，注意休息即可，通常1周左右逐漸緩解痊愈。細菌感染疼痛相對嚴重，軟腭及扁桃體表面有化膿，并伴隨發燒可持續3天不退燒或持續加重，可適當使用抗生素治療，如阿莫西林克拉維酸鉀。持續的軟腭疼痛不適并不嚴重，但持續不愈是慢性咽喉炎的表現，經常與胃酸胃液反流刺激有關系，即反流性咽喉炎。較多患者沒有反酸的自我感覺，容易被忽視未及時有效的治療，注意使用抑制胃酸的藥物治療，可到達較好療效。