通常寶寶接種手足口病疫苗7天后，不會出現劇烈免疫反應，且不會出現發燒現象。當接種手足口病疫苗后，由于手足口病抗原進入，刺激機體產生免疫反應，使免疫細胞產生大量細胞因子，促進抗體產生。如果部分寶寶體質比較敏感，免疫反應比較強烈，有可能會出現發燒現象，但通常發生在疫苗接種后24-48小時。臨床上部分寶寶注射疫苗1周后可出現發燒，通常與注射疫苗沒有直接相關性，可能是由于感染導致發燒，如出現上呼吸道感染，包括病毒感染或者細菌感染等。