偏頭痛患者進行核磁共振有用，可明確排除顱內器質性疾病，如腦血管病、腦炎、血管炎或顱內脫髓鞘疾病，以及占位性病變如腦腫瘤，此類疾病有時會表現為類似偏頭痛發作。若不進行核磁共振，則無法排除器質性疾病，如果直接按照偏頭痛治療，則可能會延誤病情，導致較嚴重后果。多數偏頭痛患者伴有嚴重焦慮、抑郁，雖然臨床表現較有特征性，但若未進行頭顱影像學檢查，會加重患者焦慮、抑郁情緒。此時進行磁共振檢查，排除有無器質性疾病，對患者也是保證，給患者治療疾病的信心。