腸鏡檢查時，如果腸道準備欠佳，腸鏡可能觀察到糞便。但是如果腸鏡檢查，發現成型糞便、糞渣或者糞水，覆蓋于結腸黏膜表面，都會影響腸鏡觀察。有時糞便或者糞水的含量較多，腸鏡可能難以進鏡。即使勉強進鏡至腸道末端，由于大量糞水殘留于腸腔內，腸道清潔度較差，可能嚴重影響對結腸黏膜病變的觀察，容易漏掉病變。在臨床上存在這類真實體驗，如果腸道準備較差，糞便或者糞水殘留過多，即使病變較大，可能也無法發現，病變淹沒于糞便中。需要腸道完全清潔干凈，才能在同一部位更好發現病變。所以進行腸鏡檢查，檢查醫生通常希望，受檢者都做好充分的腸道清潔準備。只有良好的腸道準備，才能使得腸鏡檢查，能夠清晰地觀察到結腸的黏膜，以免遺漏病變。所以進行腸鏡可能發現糞便，但是醫生并不希望發現，因為意味著腸道準備欠佳，可能會影響對病變的觀察和治療。