腦萎縮主要可以分為原發的萎縮和繼發的萎縮。繼發的萎縮，比如顱內有積水或者硬膜下有血腫，被壓迫導致短時間內萎縮，可能要糾正腦積水的情況或者去除血腫，可以使大腦皮層的萎縮得到恢復。如果時間特別長，這種萎縮可能恢復起來就比較困難； 原發的萎縮見于神經系統的變性病，比如多系統萎縮、額顳葉變性，細胞慢慢逐漸死亡過程。這種腦萎迄今為止應該是醫學難題，沒有特別好的處理方式。腦的功能也會隨著細胞的萎縮逐漸出現減退或者是退化，比如癡呆慢慢導致腦萎縮，可以服用細胞營養藥促進智力。但是總體來說，沒有辦法來阻止腦萎縮疾病的進展。