大多數子宮內膜薄的原因，是繼發于流產以后或宮腔鏡手術以后，對子宮內膜的基底層造成損傷，導致子宮內膜的生長受到影響。如果是先天性的子宮內膜薄，主要的原因是激素水平問題。患者閉經時間較久，會幾個月，甚至0.5-1年不來月經，檢查時發現子宮內膜較薄。這種現象主要是由于體內的激素水平異常所導致，下丘腦或卵巢存在問題，導致沒有規律排卵。體內雌激素水平或孕激素水平較低，沒有促進內膜增長的肥料，所以內膜不發生增長。此時需要用激素替代治療，維持內膜的正常生長，保證生育的可能性和需求。