呼吸系統的疾病主要可以分成以下兩大類：一、感染性疾病，感染性疾病中包括上、下呼吸道的感染，各種類型的真菌感染等。其中下呼吸道感染還可以分成支氣管感染、支氣管擴張伴感染以及肺實質感染，如各種類型的肺炎、肺膿腫、肺結核等。另外各種原因導致的感染性胸膜炎、結核性胸膜炎，也屬于肺部感染性疾病；二、非感染性疾病包括：1、首先包括過敏導致的哮喘、過敏性咳嗽等疾病；2、特發性肺間質性纖維化、慢性阻塞性肺部疾病、各種類型的呼衰、慢性肺源性心臟病、結節病等，都屬于呼吸道疾病；3、結締組織病導致的胸腔積液、各種外傷導致的氣胸，以及自發性氣胸、肺氣腫、肺大皰和肺癌都屬于呼吸系統疾病。呼吸系統的疾病范圍較大，一般只要屬于呼吸系統和呼吸器官的疾病，都屬于呼吸系統疾病。