呼吸系統疾病最常見的原因還是感染性疾病，也就是由病原體感染所造成的疾病，如上呼吸道感染、普通感冒、急性氣管支氣管炎、肺炎等疾病，在我國肺結核也非常常見。除了感染性疾病，還有非感染性疾病也是呼吸道疾病的原因，如慢性阻塞性肺疾病、慢性支氣管炎、支氣管擴張、過敏性肺炎、間質性肺疾病、肺部腫瘤，都是呼吸系統疾病的常見原因。呼吸系統疾病是一個很大的范疇，可以由呼吸系統疾病本身造成，也可以是全身疾病的反應，如結締組織病也可以在呼吸系統形成損傷，還有血液系統也可以以呼吸系統的癥狀為表現，比如血管炎等疾病。所以呼吸系統疾病是多方面的原因，有呼吸系統本身的原因，也可以有全身系統疾病的呼吸系統表現。