大部分霉菌鼻竇炎患者需要進行手術治療，鼻竇內出現霉菌性炎癥，通過藥物或保守治療，完全治愈的可能性較小。鼻竇位置較深且竇口較小，通過鼻子用藥，藥物基本不能到達鼻竇，可能只是開放鼻竇口，使鼻竇內的霉菌性分泌物排出。口服藥治療需經過胃腸道吸收入血，再到達全身組織，能夠到達鼻竇黏膜的藥量很少，治療效果較差。大部分霉菌鼻竇炎患者通過手術治療后，可以開放鼻竇的竇口，使鼻竇內的分泌物排出，同時可以清除鼻竇內較嚴重的黏膜、組織，使局部的炎癥得到良好控制。患者在術后還需進行定期隨訪，隨時發現異常，隨時解決異常。部分霉菌性鼻竇炎癥較輕微的患者，也可以先進行保守治療，保守治療無效后再進行手術治療。