鼻竇炎手術的后遺癥較少，鼻竇炎手術是將鼻竇的開口擴大，去除鼻竇之間的間隔，有時需要修整中鼻甲，以利于鼻竇的通暢引流。進行鼻竇炎手術時，通常不會動下鼻甲和嗅區黏膜，術后可以改善病人鼻腔的通氣作用和嗅覺功能。通常術前嗅覺功能下降的病人，術后大概有90%的概率可以使嗅覺得到恢復。少部分病人術后會出現鼻腔干燥的情況，多與鼻腔沖洗有關，如果長期使用生理鹽水沖洗，可能引起鼻腔干燥。如果術中沒有出現并發癥，一般術后留下后遺癥的可能性也較小。