生物制劑的適應證，是應用于難治性的或復發性的疾病，如風濕免疫科中的類風濕關節炎、系統性紅斑狼瘡等，而上述疾病目前并不能得到根本治愈，所以生物制劑治療是通過抑制相關細胞因子，從而使病情得到緩解、控制，若停用生物制劑病情會反復。目前生物制劑主要是指針對體內部分細胞因子，或靶向藥物的單抗類藥物。另外，以類風濕關節炎為例，一般在應用生物制劑時，同時也會合并應用慢作用的抗風濕藥，比如甲氨蝶呤、來氟米特、柳氮磺吡啶等藥物。上述藥物與生物制劑配合應用，一方面能控制疾病發展，另一方面也可逐漸減少生物制劑用量，從而達到疾病緩解狀態。系統性紅斑狼瘡的患者，在應用生物制劑時也會應用糖皮質激素或相關免疫抑制劑來控制狼瘡病情活動。