伽瑪刀治療血管瘤本身較為安全，風險主要是畸形血管團在完全閉塞之前，隨時可能會出血，即再次出血，所以其最大的風險是起效比較緩慢，在完全閉塞之前隨時可能出血。 另外，比較罕見的是最后的水腫反應和囊變這兩種。因為本身伽瑪刀治療后可能會引起周邊神經水腫，引起癲癇，所以如果治療引起水腫，可以通過輸甘露醇、甘油果糖這些藥物脫水。如果出現囊變，囊變越來越大壓迫到神經引起嚴重癥狀，必須通過手術來處理。 因為伽瑪刀治療血管瘤是通過射線聚焦照射到血管畸形本身，造成血管內皮細胞不斷增生、增厚、管腔閉塞，達到降低出血幾率的目的，治療主要是安全、微創。因為很精確，照射范圍只是照射血管畸形本身，所以照射以后對于周邊神經、血管的損傷微乎其微。因為它的精確度可以精確到毫米以上，邊緣劑量非常低，不會造成周邊神經損傷。