全身肌肉萎縮分為神經源性肌肉萎縮和肌源性肌肉萎縮，神經源性的肌肉萎縮較常見的有運動神經元病，又稱為肌萎縮側索硬化。運動神經元病為脊髓前角細胞受損之后，變性、凋亡后導致肌肉無力、萎縮以及肌肉的跳動。還有其它神經病變導致的肌萎縮，包括慢性的格林-巴利綜合征，即CIDP(慢性炎性脫髓鞘性多發性神經根神經病)，由于長期周圍肌肉的失神經營養導致肌肉萎縮。還有某些遺傳性疾病，如脊髓性肌萎縮癥(SMA)也會出現全身肌肉萎縮。肌源性的全身肌肉萎縮也較多見，如先天性肌營養不良，或其它的進行性肌營養不良、強直性肌營養不良，以及多發性肌炎、多發性皮肌炎引起全身肌肉病變，長時間后也會出現肌肉萎縮。另外線粒體疾病等，也會出現肌肉萎縮，