黃連上清丸偏于寒涼，所以服藥后會出現腹瀉。黃連上清丸具有多種涼藥，又有通下作用，首先需辨證準確，即一定是熱血壅盛、風熱上攻的病人才能使用，因為黃連上清丸含有荊芥、蔓荊子，具有疏風散熱的作用，所以熱毒壅盛、胃熱亢盛、風熱上攻的病人，才可以使用黃連上清丸進行治療。其次需注意使用時間不可過長，疾病治愈后便馬上停藥，不可長期使用。長期使用后會苦寒傷胃，損傷脾胃，容易導致腹瀉。部分病人服用黃連上清丸后出現腹瀉的原因，主要是黃連上清丸太過寒涼。黃連上清丸的主要成分有黃芩、黃連、黃柏，都可以清熱利濕，可清三焦之火，如黃芩清上焦之火、黃連清中焦之火、黃柏清下焦之火，對三焦熱盛、濕熱壅盛病人的治療效果較好。黃連上清丸含有大黃，大黃有通腑瀉下的作用，也有清胃中濕熱的作用。還含有梔子，梔子也是清熱解毒的藥物，也有瀉下作用。所以上述藥物結合，具有清熱、瀉火、通下的功效。