母乳生理性腹瀉是因為母乳中前列腺素E2含量高所引起，前列腺素可以促進胃腸蠕動，影響水電解質代謝，引起腹瀉。嬰兒的胃腸功能還沒有完全成熟，或者是過敏性體質，可以引起腹瀉。 母乳生理性腹瀉多見于6個月之內母乳喂養的嬰兒，外表比較虛胖，常常會有濕疹，出生不久純母乳喂養可出現稀水樣便，有奶瓣或者少量黏液，大便有酸味，但是沒有臭味，每天大便7-8次，而且大便不成形，但并無其它不適，所以嬰兒不會發生哭鬧，也沒有血便的情況。嬰兒的精神、反應、進食、體重都正常，不會造成特殊影響，所以一般不需要治療母乳生理性腹瀉。