生理性腹瀉是指患兒出生后發生的腹瀉，患兒出生后大便不成形，1-2個月后大便才會成形。腹瀉次數多，一天五六次，甚至達十多次，大便形狀呈稀糊狀或較稀的水狀，甚至可出現黏液便，但患兒絕對沒有膿液，極少部分孩子會帶有少量血絲。生理性腹瀉的患兒能吃、能喝、能長肉，一般體質偏虛胖，有家族史，在四個月添加輔食后，癥狀明顯緩解。這類孩子，不必用太多藥物治療。如果孩子腹瀉次數多，可因受涼、進食過量或喂養不當，導致腹瀉明顯增加。患兒胃腸道功能相對較弱，若出現腹瀉明顯加重，可加用胃腸黏膜保護劑思密達等，減少腹瀉次數，減輕癥狀。隨著年齡增長和添加輔食，生理性腹瀉能夠緩解。生理性腹瀉的診斷相對困難，比如部分患兒生理性腹瀉伴有牛奶蛋白過敏癥，平常大便正常，某次腹瀉后，開始遷延不愈，出現繼發性乳糖不耐受。需要給予免乳糖的飲食，蛋白質過敏可換用特殊的營養奶粉進行治療，或者根據患兒體質加用中醫中藥治療。