生理性腹瀉是自然的生理過程，是由于母乳里有抑制乳糖酶活性的物質，造成兒童乳糖不耐受，從而引起腹瀉。這一類孩子，如果能吃、能喝、能長肉，無需藥物治療，但若由于受涼或進食過多，甚至饑餓引起腹瀉加重，可用胃腸黏膜保護劑或調節腸道菌群的藥物治療。如果腹瀉過多，可以適當加用收斂劑或中藥。若非必要，建議盡量少用或者不用藥。對于明顯腹瀉的患兒，腹瀉次數較大可以換用免乳糖奶粉。但如果腹瀉較輕，建議繼續母乳喂養，可適當補充鋅劑、微量元素。