嬰兒肛瘺的發病率較高，常見于男孩，部分患兒隨生長發育可自行愈合，所以一般不主張及時做根治手術。應對癥處理，每日清潔肛門并坐浴，適當使用抗生素及外用藥膏，消炎消腫，控制和減少膿腫的發生，加速自愈。一旦肛瘺已形成，可隨患兒年齡有所增長，承受手術能力稍強時，行瘺道切開術或掛線治療，以防肛瘺復雜化。