目前來講，肛瘺不管是中醫治療還是西醫治療，如發現并明確確診是肛瘺，首選手術治療，而且目前也只有手術治療才能夠徹底治愈肛瘺。 腸道炎癥性疾病、克羅恩病也會造成肛門局部形成肛瘺，這種情況下，如果克羅恩病沒有控制，進行手術治療后，肛瘺也會反復發作，不能治愈。 在這種病之外，通常情況下，肛瘺不論采取中醫、西醫方法，都采用手術治療，手術是唯一能夠根治的方法。