肛瘺一般不易自愈，因為肛瘺外口愈合比較快，會形成假性愈合。對于肛瘺治療方法大多數仍以手術治療為主，根據患者不同情況，采取肛瘺切除或掛線治療。治療原則主要是將瘺管切開去除腐肉，形成敞開創面，促進創面愈合。 直腸內污染物不斷進入內口引起繼續感染，局部形成纖維化管壁，管道彎曲狹窄，引流不暢，感染沿著括約肌間隙蔓延形成局部的感染灶。當患者免疫功能下降或局部大量細菌繁殖，可造成感染與感染平衡被打破，再形成膿腫。