慢性前列腺炎的診斷一般是在排除其它問題后可診斷為慢性前列腺炎，但慢性前列腺炎的鑒別診斷主要根據病人癥狀進行相關鑒別。如患者表現尿頻、尿急癥狀，要和膀胱炎、尿道炎、輸尿管末端結石進行鑒別。慢性前列腺炎常見表現為下腹脹痛不適感，這時要與慢性盆腔疼痛鑒別，以及與精索靜脈曲張、精索炎癥等進行鑒別。 在診斷慢性前列腺炎時，其亞型之間也要進行鑒別，是細菌性前列腺炎還是非細菌性前列腺炎，還是慢性疼痛綜合征，細菌性前列腺炎要診斷是常見細菌還是其它細菌，如淋球菌、大腸桿菌還是結核引起的炎癥感染。所以前列腺炎的診斷和鑒別很廣泛，主要根據癥狀進行鑒別。