慢性化膿性中耳炎在臨床上容易與慢性外耳道炎、慢性鼓膜炎、結核性中耳炎相混淆，具體鑒別診斷如下： 1、慢性外耳道炎也可以耳朵流膿、流液甚至聽力下降，但仔細去除外耳道分泌物后，常觀察鼓膜沒有穿孔，CT表示中耳看不到病變； 2、慢性鼓膜炎癥狀是耳內長期流膿史，鼓膜上可以看到肉芽但鼓膜沒有穿孔； 3、中耳癌一般常見于中老年患者，聽力損失較明顯，鼓室內有新生物，早期可以出現面癱、出血、疼痛等，顳骨CT可見明顯骨質破壞； 4、結核性中耳炎可以短期內耳流膿史，可致聽力損失、面癱、鼓膜大穿孔、蒼白肉芽，這時取肉芽病檢，可以鑒別。