陰莖根部痛，原因分析如下：1、慢性前列腺炎：這是陰莖根部痛最常見的原因。慢性前列腺炎病人，由于感染性致病菌刺激前列腺部黏膜，會導致黏膜水腫、糜爛，會導致前列腺腺體增大，同時會導致腺體回聲不均勻，出現腺體彌漫性炎癥改變。致病微生物還會波及后尿道，引起后尿道黏膜水腫、糜爛，會出現黏膜破損，出現后尿道疼痛癥狀，部分病人會出現酸痛或壓痛癥狀；2、急性尿道炎：陰莖根部疼痛，還見于急性尿道炎病人。病人發生急性尿道炎時，由于感染性致病菌刺激尿道黏膜，會出現黏膜紅腫、糜爛，會出現黏膜破損癥狀，部分病人還會出現水皰、膿皰。水皰、膿皰破裂后，會形成潰瘍面，病人會出現陰莖根部疼痛癥狀。病人出現上述癥狀時，經常伴有尿道口分泌物，部分病人還會出現尿道發癢癥狀。病人出現上述癥狀時，需及時到泌尿外科就醫。