陰莖硬起來的時候會痛，主要原因具體如下：1、陰莖硬結癥：通常是在陰莖海綿體白膜處，出現纖維結節，在陰莖勃起時，會出現局部疼痛癥狀，還會導致陰莖出現側彎癥狀；2、尿道炎：患者有淋菌性尿道炎時，由于感染性致病菌，刺激尿道黏膜，導致黏膜水腫糜爛，會出現水皰、膿皰、水皰，膿皰破裂后，會形成膿性分泌物，形成局部潰瘍，導致患者在勃起時，出現陰莖疼痛癥狀。若患者有非淋菌性尿道炎，如發生衣原體性尿道炎時，亦會導致陰莖黏膜出現局部破損，當尿液刺激或在勃起時，由于性興奮分泌的少量前列腺液進入尿道中，刺激尿道、破損黏膜，亦會出現勃起時陰莖疼痛癥狀；3、尿道結石：患者發生尿道結石時陰莖勃起，會導致尿道黏膜伸展、收縮，導致結石嵌頓，出現陰莖疼痛癥狀。患者若出現上述癥狀，應及時到泌尿外科就醫。