扁桃體隱窩清洗通常是在隱窩內有分泌物，分泌物是因為慢性扁桃體炎而導致，或急性扁桃體炎有時也會導致。清洗一般最簡單辦法是可以通過加強漱口，如用生理鹽水或用復方氯己定來進行漱口，整體改善口腔、咽腔環境，可以順帶著清除隱窩分泌物。 如果分泌物局限存留在扁桃體隱窩內不容易出來，并且產生異物感，或不適感，可以找醫生單獨用吸引器來進行對于存留分泌物的隱窩來進行吸引清除，或用沖洗器來沖洗清除。但一般通過漱口或通過控制感染，扁桃體隱窩的分泌物一般都會及時清除掉，而不需要特別針對扁桃體隱窩分泌物而單獨來清除隱窩。雖然少數時候可以找醫生清理，但一般不需要。