扁桃體隱窩是扁桃體表面的黏膜突入到扁桃體實質內形成。扁桃體隱窩在扁桃體實質內又分成許多囊性小支，小支旁邊有很多淋巴濾泡和淋巴組織。隱窩里面會儲存細菌，引起感染，形成感染病灶。有炎癥的時候扁桃體濾泡紅腫、腫脹，可以看到扁桃體腫大。如果濾泡增生化膿，黏膜上可以看到黃白色小點。如果扁桃體隱窩內出現炎性改變、炎性滲出化膿，扁桃體表面可以看到成片膿性分泌物。扁桃體隱窩在扁桃體里可以形成10-20條，隱窩比較長。如果隱窩有炎癥會在扁桃體被膜后引起扁桃體周圍炎、扁桃體膿腫。扁桃體發炎的患者如果出現張口困難，說明扁桃體被膜后有炎癥，要到醫院看病。