核磁共振是目前臨床上診斷腦血管病比較有效的方法，相比之前的CT來說，有些后腦的病變核磁共振的發現率要高很多。另外對腦梗病灶，核磁共振因為分不同的序列，能發現梗塞的時間。另外，核磁共振現還常用來做血管檢查，如動脈、靜脈核磁共振。動脈的核磁共振叫MRA，靜脈的是MRV，對于很多血管篩查、部分疾病的鑒別很重要，否則易漏診、誤診。因而核磁共振在臨床上對于疾病的早診斷、早治療、早康復意義重大。