磁共振檢查臨床應用較為廣泛，全身各部位都可以進行檢查。檢查優勢在于對軟組織分辨率高，無射線輻射損傷，具體檢查部位取決于疾病需要，主要有以下幾種： 1、懷疑腦血管病變時，可以行顱腦磁共振檢查； 2、懷疑腰間盤突出，脊髓異常可以行頸、胸、腰椎磁共振檢查； 3、懷疑關節異常可以行膝關節、髖關節、踝關節磁共振檢查； 4、懷疑腹部實質性器官病變可以行肝、膽、胰、脾、雙腎磁共振檢查； 5、懷疑生殖器官病變可以行女性子宮或男性前列腺檢查等。 需注意早期妊娠，特別是妊娠3個月以內的人群不提倡進行磁共振檢查。病情危重需要使用生命支持系統的患者，不可進行磁共振檢查，如呼吸機、心電監護儀等儀器一般帶有磁性結構，不能進入磁共振間。癲癇發作、幽閉恐懼癥患者和不能配合的患者，因為煩躁或不能保持安靜，不適合進行磁共振檢查。