磁共振檢查很安全。所謂磁共振檢查的危害一個是能量，即電磁波輻射能量被人體吸收的量，這個值過高容易造成溫度升高，甚至造成灼傷，目前臨床應用的1.5T核磁和3T核磁，這種能量控制在2W/Kg以內，這個值對于孕婦而言都是安全的。 另一個是噪聲，磁共振檢查的時候聲音非常大，有時候噪聲可以達到120分貝，3T的CT甚至更高場強的機器可以達到130分貝。但是，檢查的時候會采取措施，比如使用棉球、耳機戴到耳朵上，可以把噪音降低到安全范圍之內。目前研究顯示，1.5T的磁共振對胎兒的聽力沒有不良影響。