心肌炎的后遺癥包括部分患者出現心律持續失常，或心臟的擴大并伴有進行性的呼吸困難；重癥心肌炎患者出現進行性心功能不全且逐年加重，多在數年或數十年后死于心肌炎的各種合并癥。也有部分患者經過治療癥狀趨于穩定，但在檢查過程中可發現心律失常但量沒有逐漸遞增，或出現心臟擴大但是無明顯進行性加重及心功能無進行性下降，多年持續在同一水平之內。