心肌炎患者最常見的后遺癥，通常是心律失常，比如室性早搏、房性早搏，在患者再次感染或者在勞累時，可能出現次數增加。除此之外，部分心肌炎患者由于嚴重的心肌細胞損傷和水腫，會導致心功能下降。隨著治療方案不斷調整，有可能心功能會得到有效改善。另外部分預后不佳的患者，心肌發生重塑，這時心肌或者心臟結構發生變形，心力衰竭得不到有效改善，最后發展為擴張型心肌病、心力衰竭等。總之，心肌炎患者在急性期應該積極治療，否則容易殘留心律失常，或者導致心肌擴大，心臟擴大會導致心力衰竭的發生。