耐多藥的治療管理方式為住院、門診治療相結合。市、區、社區衛生服務中心三級聯合管理，市級制定治療方案、隨訪復查。區級結防機構負責協調。社區衛生服務中心或鄉鎮衛生院，定期督促患者服藥、復查。一旦發現耐多藥患者首先建議住院治療1-2個月，可以減少與家人相處、減少傳播。同時制定合理的治療方案，住院期間觀察患者對治療方案的適應性、有無不良反應。治療總療程為18-24個月，后期要求居家隔離治療，社區衛生服務中心或鄉鎮衛生院、村醫，督導患者服藥，定期門診注射藥物治療。