小兒川崎病的后遺癥一般為心血管的損害，川崎病的臨床癥狀好轉后，如果有冠狀動脈的擴張或冠狀動脈瘤，這些心血管并發癥會成為后遺癥，也可能留下心肌或其他方面的炎癥病變，需要進行冠脈造影或螺旋CT等檢查來確定是否有冠脈擴張，進一步判斷病情輕重，輕者可采取口服中藥、阿司匹林的聯合方法治療，嚴重者還需要進行手術。