川崎病為全身血管炎癥，可以損傷全身各部位的血管，如大腦、肝臟、心臟、腎臟，最主要損害部位為心臟冠狀動脈，為影響川崎病遠期預后的關鍵。經過治療后川崎病大多預后良好，一般不會發生后遺癥。使用大劑量丙種球蛋白后，仍有5%的患兒可發生暫時性冠狀動脈病變，可能出現川崎病后遺癥，約70%冠狀動脈擴張可自行恢復，約1%會發生永久性冠狀動脈病變。 永久性冠狀動脈病變如巨大的冠狀動脈瘤，常發生狹窄，需要采取心臟介入或外科手術治療，只有及早開胸堵塞血管，才能有效止血，手術風險極高。一旦確診川崎病，應極早期規范治療，一般不會留有后遺癥。