川崎病可損傷全身各個部位的血管，只要有血管的地方它都可以損害到，如大腦、肝臟、心臟、腎臟，但其最主要損害的部位是心臟的冠狀動脈。川崎病最常見的后遺癥就是動脈擴張或冠狀動脈瘤，嚴重者會導致血管不可逆的擴張，從而造成大出血，這種情況只有及早開胸、堵塞血管才能有效止血，手術的風險性較高。但川崎病經過早期規范的治療，一般不會留有后遺癥。