男性包莖以及包皮過長是比較常見的泌尿生殖系統的畸形，可能會造成不好的影響。包莖以及包皮過長會導致包皮垢的增加，而包皮垢的增加又會導致細菌、真菌、滴蟲、支原體、衣原體等微生物的感染，可以導致龜頭炎或包皮龜頭炎的出現，臨床上有時需要相應的治療。如果包莖嚴重也可以導致排尿的困難，甚至出現包皮、龜頭的粘連，而且在性生活過程中，嚴重的包莖有可能會造成性生活的困難，甚至性交過程中的疼痛。部分傳染性的疾病，尤其是性傳播疾病或HPV的感染，和包莖、包皮過長也具有一定的聯系。陰莖的早期上皮鱗狀病變，如陰莖鱗癌也和包莖具有一定的關系。因此對于反復出現上述并發癥的包莖或包皮過長，若有條件建議進行包皮環切術治療。