小兒慢性結腸炎的病因包括： 1、廣義的慢性結腸炎：由感染因素或非感染因素引起。感染因素多指痢疾桿菌、大腸桿菌、志賀氏菌等細菌感染，還可由寄生蟲引起，如阿米巴痢疾；非感染性原因多與食物過敏有關，如牛奶蛋白過敏引起過敏性結腸炎，乳糖不耐受引起的慢性腹瀉； 2、狹義的慢性結腸炎：多指潰瘍性結腸炎，可由腸道感染、腸道免疫功能紊亂、基因異常等多種因素引起。