慢性結腸炎屬于統稱，多種原因導致結腸慢性炎癥都稱為慢性結腸炎。所以慢性結腸炎病因較為復雜，常見病因是一種非特異性結腸炎，例如腸易激綜合征、腸道菌群失調、小腸吸收不良。 一般認為慢性結腸炎與感染、免疫遺傳、環境、食物過敏、防御功能屏障及精神因素有關。所以慢性結腸炎是否嚴重主要依據引起慢性結腸炎病因，需要積極尋找致病原因，對抗病原體，消除腸毒素，改善癥狀。例如慢性結腸炎是因為精神緊張過度引起或食用不潔食物引起，需要對癥處理，積極調整情緒，避免不潔飲食，這樣防止結腸炎復發。慢性期主要以保守治療為主，爆發型或內科療效不佳的結腸炎，可以采用外科手術治療。