肝內膽管細胞癌常采用AJCC分級法，根據肝臟原發腫瘤的情況，淋巴結是否有轉移，是否有遠處轉移等因素進行。按照病情的早晚分為四級，Ⅳ級屬較晚期，又分為ⅣA、Ⅳb，ⅣB期為更晚，淋巴結轉移或遠處轉移歸結于4B期。分期越晚，治療效果越差，手術的范圍也更大，如Ⅰ期腫瘤，若沒有侵犯到肝臟內血管，局部切除即可，若侵犯到重要肝臟的血管，要進行大范圍的肝切除才可清除病灶，手術的難度及創傷和風險大大增加。