小兒蛛網膜囊腫并非惡性腫瘤，具體壽命無法預估，疾病多呈慢性進展過程，可導致神經功能受損，影響正常生活。如出現囊腫破裂出血，可危及生命。但多數患者僅導致慢性神經功能損害，表現為頭暈、頭痛以及精神障礙。嚴重神經功能受壓者，可出現癲癇等癥狀。若為特殊部位囊腫，如安上池囊腫，由于比鄰下丘腦結構，多造成內分泌功能下降，對身體危害較大。