術后復發的脊索瘤主要考慮再次手術切除，以及放射治療兩種方法進行治療。脊索瘤為侵襲性生長的腫瘤，病理類型上屬于低度惡性腫瘤。但是脊索瘤侵襲生長的本質通常會累及周圍較多重要的結構，比如神經結構、血管結構等，造成手術難以徹底切除，術后易復發。脊索瘤如果出現術后復發，需要考慮再次進行手術治療。在再次進行手術前，還需要評估腫瘤周圍的血液供應情況，如果血供較為豐富，必要時還需要通過介入的治療，進行腫瘤供血動脈的術前栓塞，阻斷腫瘤的血液供應，減少術中出血量，保證手術安全。同時應該盡可能沿著腫瘤的邊界將腫瘤全切，避免腫瘤的再次復發。如果患者不適于腫瘤全切，可以進行姑息性的腫瘤的大塊切除，對于殘留的腫瘤，可以考慮進行放療等治療。目前關于脊索瘤還未有較有效的化學藥物治療。