良性脊索瘤同樣有復發可能，普通上皮型脊索瘤或者軟骨型脊索瘤偏良性，會緩慢破壞顱底結構。如果患者手術充分切除，經過放療、化療處理以后，獲得緩解的時間較長。患者術后需要定期隨訪，如早期半年進行核磁共振強化掃描或者CT檢查，觀察腫瘤是否復發。 臨床上部分軟骨瘤型脊索瘤侵犯骨質到一定程度，但是手術進行充分切除，又經過放療處理以后，緩解期相對延長，在較長一段時間內可以得到有效控制，而緩解其復發。患者需要定期隨訪，定期進行顱底增強磁共振檢查。 如果患者出現因為腫瘤引起的神經壓迫癥狀，如突眼、眼球活動障礙、疼痛，這些神經功能障礙得到緩解以后，如果觀察期間沒有神經功能障礙再復發，說明腫瘤沒有再生長出來。