2價、4價以及9價宮頸癌疫苗，常見副作用為注射局部不適，包括產生疼痛、硬結、瘙癢感等，同乙肝疫苗等普通疫苗的局部副反應相似。部分病人可出現低熱，但一般不超過38℃。HPV疫苗在全世界范圍內，使用已達10余年。2017年，WHO出臺關于HPV疫苗的立場文件，專門談及HPV疫苗的副作用，總體而言，HPV疫苗的副作用較少。網上提及的影響生育、促進腫瘤發生、促進免疫系統疾病發生等副作用，經過多年觀察，均不存在。