宮頸癌2價疫苗可能會出現局部副作用，如硬結、紅腫、疼痛，部分人可能出現低熱，一般在38℃以下，這些局部副作用通常48小時之內會消退。部分疫苗可能導致過敏反應，但概率較小，所以注射完疫苗后要觀察半個小時才能離開接種點。宮頸癌2價、4價、9價疫苗較安全，以局部副反應為主，目前沒有發現有長期副反應，如對生育、發育的影響，或增加免疫系統疾病發生的概率等。2017年時WHO(世界衛生組織)有個立場文件，專門解答宮頸癌疫苗的安全性問題，也是以局部的副反應為主，而且是可控的局部的副反應，目前暫時沒有發現有長期影響。WHO提出了希望在全世界內消除宮頸癌的愿景，因為宮頸癌的防控效果較好，發生的主要原因是HPV(人乳頭瘤病毒)感染，HPV可以通過疫苗降低感染率，從而減少宮頸癌的發生。