肝內膽管結石的臨床治療方法多種多樣，如肝內結石較小，無癥狀時，可先行臨床觀察，視其發展情況再做處理。如靠肝門較近，可行手術取石，但肝內膽管取石后易復發，因此肝內膽管結石可進行手術切除治療，如左側肝內膽管結石，可將左側部分肝組織、膽管、結石切除，右肝若完好則可保留。特殊情況，如左肝、右肝，膽管內都存在結石的患者，治療效果較差，嚴重時需行肝移植手術進行治療。