肝內膽管結石的治療主要根據結石相關的癥狀，受累膽管、相鄰肝臟是否出現器質性的病變或者并發癥，來采取相應的藥物和外科手術治療，具體如下：1、較小的肝內膽管結石不會出現明顯的臨床癥狀，不引起膽道的梗阻，這種情況先通過定期檢查，必要時可以采取溶蝕的藥物來進行對癥治療；2、引起膽道梗阻，特別是已經合并有膽管明顯擴張、膽管炎癥的結石，則需要通過外科手術進行膽管切開取石。受累的膽管如果局限在某一個肝段或肝葉，特別是已經出現了相鄰肝臟的肝纖維化，甚至是肝硬化，則建議通過外科手術將受累的肝段，或肝葉連同膽管及肝內膽管結石一并切除；3、部分肝內膽管結石彌漫分布在左右兩肝，這種情況可以進行肝臟移植或者是膽管擴大成形、膽腸吻合，盡量地將結石取凈，保證膽道的通暢引流。