肝內膽管結石很多或引起膽管炎癥，出現腹痛、發燒、寒戰等癥狀，需要考慮手術治療。外科手術是治療肝內膽管結石的主要手段，還有一些人如果不愿做手術，寄希望于口服中藥排石，對一些簡單結石可以嘗試，但效果不確定，很多時候沒用。手術治療要根據結石部位、大小、數量，有沒有梗阻、肝葉萎縮及發生癌變等情況，進行個體化手術設計。 膽石癥治療，包括肝內膽管結石治療遵循四項原則，即取凈結石、通暢引流、解除狹窄、去除病灶，進行處理，比如有石頭首先要取凈結石。形成結石原因主要是肝段膽汁排空障礙，出口狹窄就是膽管狹窄，要把狹窄解決掉使其變通暢，未來膽汁排空，復發機會少，解除狹窄后也就等于通暢引流。去除病灶是對于結石局限的肝段、肝葉已經萎縮或者是慢性炎癥病灶，石頭也取不干凈。這時候會把肝葉或肝臟切除，達到根治目的。